L’Alsace s’étend sur le bassin versant du Rhin. La gestion du Rhin (et de la Meuse) relève de l’Agence de l’eau Rhin-Meuse, sise à Metz. Dans le cadre du programme intégré du Rhin, la France et l’Allemagne ont aménagé des ouvrages pour écrêter les crues du Rhin. En France, il s’agit du polder d’Erstein (qui intéresse également les communes de Nordhouse et Plobsheim), ainsi que le polder de la Moder, à Fort-Louis. L’Ill constitue la plus grande rivière d’Alsace. À la hauteur du Petit Ried, trois rivières rejoignent le Rhin:
Deux rivières lorraines – la Plaine et la Sarre blanche – prennent leur source à Grandfontaine. En Alsace bossue, la Sarre est un affluent de la Moselle, qui se jette dans le Rhin à Coblence. La Zorn prend sa source en Lorraine.
La nappe phréatique rhénane dans la plaine d’Alsace, et plus généralement dans le fossé rhénan recèle la plus grande réserve d’eau douce d’Europe.
L’Alsace compte plusieurs sources minérales et thermales, dont les deux stations thermales dans les Vosges du Nord, à Morsbronn-les-Bains ainsi qu’à Niederbronn-les-Bains.
L’Eurométropole de Strasbourg et l’agglomération de Mulhouse sont considérés comme des territoires à risque important d’inondation (TRI).
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