Le massif des Vosges ainsi que le Jura alsacien ont un climat sous influence montagnarde (voir répartition climatique sur la carte ci-dessus). La végétation est composée essentiellement de conifères qui laissent place aux pâturages et plantes basses des hautes-chaumes au niveau des crêtes des Vosges.
La partie ouest de la Champagne est soumise à un climat de type océanique dégradé, tandis que sa partie est connait un climat semi-continental. C’est dans cette zone de transition qu’a pu se développer le vignoble de Champagne, le plus septentrional de France. Le climat du reste de la région est également de type semi-continental. C’est le cas pour le sillon Lorrain, pour le nord de la plaine d’Alsace et pour la partie sud de cette dernière située face à la trouée de Belfort.
Le centre de la plaine d’Alsace, situé entre les Vosges à l’ouest et la Forêt-Noire à l’est, est également située dans la zone climatique semi-continentale mais elle est soumise à l’effet de foehn qui rend son climat particulier. Ce phénomène se traduit par une pluviométrie moindre et des températures plus élevées l’été. L’influence de l’effet de foehn se ressent depuis le nord-ouest de la région mulhousienne (aux environs de Cernay) jusqu’au sud-ouest de Strasbourg (aux environs d’Obernai), là où l’altitude des Vosges qui font face à la plaine, est la plus élevée. C’est dans cette zone que s’étend la partie la plus importante du vignoble d’Alsace. La partie la plus exposée, appelée les collines sèches et située aux alentours de Rouffach, abrite des espèces animales et végétales liées au climat méditerranéen, une partie de la zone est protégée au sein de la réserve naturelle régionale des Collines de Rouffach. Le même phénomène est à l’origine des pelouses steppiques du nord de la forêt de la Hardt et de la forêt de Nonnenbruch.
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