Principales villes de Bourgogne-Franche-Comté ;
La région compte seize aires urbaines, plus d’un habitant sur cinq (22,4 %) étant concentré dans celles de Besançon et Dijon.
| Aire urbaine | Nombre de communes 2010 | Population 2016 |
| Dijon | 292 | 385 400 |
| Besançon | 254 | 251 293 |
| Montbéliard | 121 | 161 121 |
| Chalon-sur-Saône | 90 | 135 560 |
| Belfort | 68 | 114 117 |
| Mâcon | 67 | 102 352 |
| Nevers | 57 | 98 102 |
| Auxerre | 68 | 92 058 |
| Dole | 75 | 65 688 |
| Sens | 44 | 64 049 |
| Vesoul | 111 | 59 208 |
| Lons-le-Saunier | 91 | 58 645 |
| Montceau-les-Mines | 11 | 44 368 |
| Le Creusot | 11 | 37 242 |
| Beaune | 25 | 35 657 |
| Pontarlier | 20 | 31 305 |
Unités urbaines ;
| Unité urbaine | Nombre de communes 2010 | Population 2016 |
| Dijon | 15 | 243 376 |
| Besançon | 11 | 135 349 |
| Montbéliard | 21 | 106 143 |
| Belfort | 16 | 81 318 |
| Chalon-sur-Saône | 11 | 75 074 |
| Nevers | 7 | 57 295 |
| Mâcon | 8 | 48 296 |
| Auxerre | 3 | 42 089 |
| Montceau-les-Mines | 5 | 38 939 |
| Sens | 3 | 37 813 |
| Le Creusot | 6 | 33 279 |
| Dole | 8 | 30 191 |
| Vesoul | 8 | 28 664 |
| Lons-le-Saunier | 11 | 26 781 |
| Pontarlier | 4 | 22 020 |
| Beaune | 1 | 21 644 |
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