La Seine qui draine finalement toutes les eaux des cours d’eau du département traverse ce dernier sur 106 km. Son principal affluent seine-et-marnais est la Marne qui étend son cours sur 100 km dans le département. La Seine arrose notamment Bray-sur-Seine, Montereau-Fault-Yonne et Melun. La Marne baigne Meaux, Esbly, Lagny-sur-Marne et Chelles. Le Petit Morin, l’Ourcq, le Grand Morin et la Beuvronne sont des affluents de la Marne. L’Orvin, la Voulzie, l’Yonne, le Loing et l’Yerres se jettent dans la Seine.
Étangs et marais étaient jadis très nombreux, mais à la suite de travaux de drainage surtout menés aux xixe et xxe siècles, ces zones sont bien plus rares aujourd’hui.
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