La Saône et ses affluents ;
La Saône arrose 46 communes lors de sa traversée en Saône-et-Loire. Elle entre au nord du département, à Verdun-sur-le-Doubs et en sort au sud de La Chapelle-de-Guinchay (plus précisément à Saint-Romain-des-Îles), en passant entre autres par Chalon-sur-Saône, Tournus, Mâcon et Crèches-sur-Saône. Dans le département de Saône-et-Loire, elle reçoit plusieurs affluents.
Sur la rive droite, elle reçoit tout d’abord la Dheune, qui se jette dans la Saône non loin du confluent avec le Doubs ; elle alimente par ailleurs le canal du Centre. Elle reçoit également la Grosne, qui passe par Cluny.
Sur la rive gauche, son affluent principal est le Doubs, qui traverse le département sur 35 kilomètres, et se jette dans la Saône à Verdun-sur-le-Doubs. Plus au sud, elle reçoit la Seille qui arrose Louhans et se jette dans la Saône en formant deux bras quelques kilomètres en aval de Tournus.
La Loire et ses affluents ;
La Loire entre au sud-ouest du département, le traverse sur 20 kilomètres puis le limite sur 80. Elle reçoit, en provenance du département, des affluents sur sa rive droite. Tout d’abord, le Sornin, qui arrose La Clayette ainsi que Châteauneuf. Ensuite, l’Arconce qui arrose Charolles et Anzy-le-Duc. Enfin, l’Arroux, qui arrose Toulon-sur-Arroux, Autun, ainsi que Gueugnon, et se jette dans la Loire vers Digoin. L’Arroux reçoit lui-même comme affluent la Bourbince, qui arrose Paray-le-Monial.
Étangs ;
En Saône-et-Loire, les étangs se répartissent en trois groupes : les étangs de la Bresse, les étangs de l’Autunois et les étangs du Charolais. Par ailleurs, quatre étangs privés aux confins du Bassin minier et du Charolais sont classés en site Natura 2000, afin de protéger la Cistude d’Europe, tortue rare surnommée « éboueur des étangs ».
Canaux ;
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