Carte géologique du massif du Jura avec à l’ouest, en jaune, les terrains tertiaires de la Bresse, correspondant de manière approximative au lac de la Bresse à son maximum d’extension.
Le Jura a donné son nom à une période célèbre de notre planète, le Jurassique, deuxième système du Mésozoïque. C’est à cette époque que les sédiments allant former la chaîne du Jura se sont déposés. Pendant le Jurassique, la région était composée d’îlots coralliens avec des lagons peu profonds situés à la bordure de l’océan Téthys (Océan alpin), avec une profusion biologique comparable à l’actuelle Micronésie.
Au cours du Crétacé, le Jura va peu à peu émerger. Bien plus tard, à la fin de l’ère Tertiaire (Néogène), la poussée du massif alpin va entraîner la déformation des séries sédimentaires, qui vont se plisser et se failler. Le Jura va alors acquérir sa forme actuelle de « croissant », lequel contourne le nord-ouest du massif alpin.
Le Jura, composé de roches calcaires, donc généralement perméables, peine à retenir l’eau en son sein. Il en résulte un système karstique complexe où l’alternance de bancs calcaires et marneux conditionne la présence ou l’absence d’eau en surface. Les zones où le calcaire affleure sont en effet caractérisées par une infiltration des eaux météoriques vers un réseau hydrographique souterrain important, processus qui se traduit en surface par la présence des formes géomorphologiques caractéristiques des zones karstiques (dolines, lapiaz, gouffres…). Au contraire, les zones d’affleurement marneux (substrat imperméable argileux) se caractérisent par une restitution de l’eau au réseau hydrographique de surface (résurgences, fontaines, sources…) ou par la présence de zones de stagnation de l’eau (lacs, tourbières, marais…) qui ne peut s’infiltrer vers les aquifères calcaires. On trouve aussi dans le Jura de nombreux lacs d’origine glaciaire qui se situent au fond de combes où un substrat morainique datant des grandes glaciations quaternaires (Günz, Mindel, Riss, Würm) garantit l’imperméabilité du sous-sol.
Un bassin houiller est identifié en deux points du massif : un partiellement exploité pour son gaz autour de Lons-le-Saunier et un autre plus grand, partiellement exploité, situé au nord entre les massifs du Jura et des Vosges, qui englobe l’est de la Haute-Saône, le Territoire de Belfort et le sud du Haut-Rhin.
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