Sur les 423 communes que comprend le département de l’Yonne, 24 ont en 2019 une population municipale supérieure à 2 000 habitants, six ont plus de 5 000 habitants et deux ont plus de 10 000 habitants : Auxerre et Sens.
Les communes de plus de 5 000 habitants sont présentées dans le tableau ci-après.
| Commune | Population | Superficie | Densité |
| 2019 | (km2) | (hab./km2) | |
| Auxerre | 34 451 | 49,95 | 689,7 |
| Sens | 26 688 | 21,9 | 1 218,6 |
| Joigny | 9 557 | 46,67 | 204,8 |
| Migennes | 7 258 | 16,58 | 437,8 |
| Avallon | 6 462 | 26,75 | 241,6 |
| Villeneuve-sur-Yonne | 5 165 | 40 | 129,1 |
| Source : Insee. | |||
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