Le pays dispose d’un large réseau hydrographique répartis sur cinq bassins versants.
Le bassin Est accueille les fleuves Faraony, Mangoro, Manampatrana, Mananara, tandis que coté Ouest on trouve les fleuves Betsiboka Mangoky, Tsiribihina, Fiherena.
Dans la partie Nord il y a les fleuves : Sambirano, Mahavavy, Loky, Besokatra, Irodo, Saharenana, Bemarivo, Lokoho.
L’Alaotra (182 km2) est le plus vaste des cinq grands lacs de Madagascar.
Les cours d’eau de Madagascar sont par bassin versants :
Les versants de la montagne d’Ambre : 11 200 km2
Besokatra, 40 km (3 300 km2)
Irodo, 80 km (4 300 km2)
Saharenana, 52 km (3 300 km2)
Les versants du Tsaratanàna : 20 000 km2
Bemarivo, 140 km
Maevarano, 203 km
Mahavavy, 160 km (3 345 km2)
Sambirano, 124 km
Le versant Est : 150 000 km2
Faraony, 150 km (2 761 km2)
Ivoloina
Ivondro, 150 km (3 513 km2)
Manajary, 212 km (7 002 km2)
Mananara, 323 km (17 230 km2)
Mangoro, 300 km (17 704 km2)
Maningory, 260 km (12 646 km2)
Namorona, 103 km (2 079 km2)
Rianila, 134 km (7 594 km2)
Sandratsio, 125 km
Le versant Ouest : 365 000 km2
Betsiboka, 605 km (48 879 km2)
Ikopa, 485 km
Mahajamba, 298 km (14 883 km2)
Mahavavy, 160 km (3 270 km2)
Mahavavy sud, 410 km (16 475 km2)
le Tandra
Manambolo, 370 km (13 970 km2)
Mangoky, 714 km (55 884 km2)
Onilahy, 400 km (32 225 km2)
Imaloto-Lalana, 242 km
Sofia, 328 km (28 295 km2)
Mangarahara
Anjobony, 200 km
Bemarivo, 265 km
Tsiribihina, 100 km (49 800 km2)
Sakeny, 170 km
Mahajilo-Kitsamby, 260 km
Mania, 280 km (18 656 km2)
Les versants Méridionaux : 48 750 km2
Linta, 173 km (5 437 km2)
Manambovo, 165 km (4 765 km2)
Menarandra, 235 km (8 624 km2)
Mandrare, 270 km (12 547 km2)
Cartes connexes : « Carte hydrographique de Madagascar »