La combinaison des alizés du sud-est et des moussons du nord-ouest produit une saison des pluies chaude (novembre-avril) avec des cyclones fréquemment destructeurs, et une saison sèche relativement plus fraîche (mai-octobre). Les nuages de pluie provenant de l’océan Indien déchargent une grande partie de leur humidité sur la côte est de l’île; les fortes précipitations soutiennent l’écosystème de la forêt tropicale de la région. Les hautes terres centrales sont à la fois plus sèches et plus fraîches tandis que l’ouest est encore plus sec, et un climat semi-aride prévaut dans le sud-ouest et le sud de l’intérieur de l’île.
Les cyclones tropicaux causent des dommages aux infrastructures et aux économies locales ainsi que des pertes de vie. En 2004, le cyclone Gafilo est devenu le cyclone le plus violent jamais enregistré à avoir frappé Madagascar. La tempête a tué 172 personnes, laissé 214 260 sans-abri et causé plus de 250 millions de dollars de dégâts. En février 2022, le cyclone Batsirai a tué au moins 10 personnes des semaines après que le cyclone Ana en a tué 55 et déplacé 130 000 personnes sur l’île.
Madagascar est découpé en cinq zones climatiques :
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