Le terme Mayotte (ou Maoré) peut désigner toutes les îles du département (représenté sur la carte topographique ci-dessus), dont la plus grande est connue sous le nom de Maoré ( français : Grande-Terre ) et comprend les îles environnantes de Maoré, notamment Pamanzi ( français : Petite-Terre ), ou seulement à la plus grande île.
L’île principale, Grande-Terre, géologiquement la plus ancienne des Comores, mesure 39 kilomètres de long et 22 kilomètres de large, et son point culminant est le mont Bénara (ou Mavingoni), à 660 mètres d’altitude. En raison de la roche volcanique, le sol est relativement riche dans certaines régions. Un récif corallien encerclant une grande partie de l’île assure la protection des navires et un habitat pour les poissons. Dzaoudzi était la capitale de Mayotte (et plus tôt la capitale de toutes les Comores coloniales) jusqu’en 1977, date à laquelle la capitale a été transférée à Mamoudzou sur l’île principale de Grande-Terre. Elle est située sur Petite-Terre (ou Pamanzi), qui à 10 kilomètres carrés est le plus grand de plusieurs îlots adjacents à Maore. La zone du lagon derrière le récif est d’environ 1 500 kilomètres carrés, atteignant une profondeur maximale d’environ 80 m. Il est décrit comme «le plus grand complexe barrière-récif-lagune du sud-ouest de l’océan Indien«.
Mayotte est la plus ancienne des quatre grandes îles de l’archipel des Comores, une chaîne de terre émergeant d’un relief sous-marin en forme de croissant à l’entrée du canal du Mozambique. Située à 295 km à l’ouest de Madagascar et à 67 km au sud-est d’Anjouan, parfois visible au coucher du soleil à l’ombre, elle est composée de plusieurs îles et îlots recouverts d’une végétation luxuriante. Les deux plus grandes îles sont Grande-Terre et Petite-Terre, adossées à une barrière de corail.
Un récif corallien de 160 km de long entoure un lagon de 1 100 km², l’un des plus grands et des plus profonds du monde. Une partie de la barrière de corail comporte une double barrière rare sur la planète. Elle protège la quasi-totalité de Mayotte des courants marins et des vagues, à l’exception d’une dizaine de passes, dont une à l’est dite «la passe en S». Le lagon, qui mesure en moyenne 5 à 10 km de large, atteint jusqu’à 100 mètres de profondeur.
Il est parsemé d’une centaine d’îlots coralliens, comme Mtsamboro. Ce récif sert de refuge aux bateaux et à la faune océanique. L’activité volcanique qui a créé les îles rend le sol particulièrement fertile.
La superficie totale de Mayotte est d’environ 374 km², ce qui en fait de loin le plus petit département français d’outre-mer (après la Martinique, qui est trois fois plus grande avec 1 128 km²). Cependant, cette zone est difficile à évaluer avec précision, compte tenu du nombre de petits îlots inhabités, dont certains sont complètement sous l’eau à marée haute, mais peuvent révéler des zones importantes à marée basse. Les îles principales sont :
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