Les principales rivières sont la rivière Rusizi formant la frontière avec la Congo et qui se jette dans le lac Tanganyika, la Malagarazi et le Ruvubu.
Gasumo:la source la plus méridionale du Nil se situe au Sud du Burundi dans la province de Bururi.
Le lac principal est le lac Tanganyika qui est partagé avec la Tanzanie, le Congo et la Zambie. Il y a de nombreux autres lacs dans le nord-est du pays: Mwungera, Narungazi, Rwihinda, Cohoha, Kanzigiri, Rweru et Gacamirindi. Les plus étendus et plus connus sont Cohoha et Rweru qui font frontière avec le Rwanda. Au nord-ouest du pays existe un ptit lac: Lac Dogodogo situé entre le chef-lieu de la Province de Cibitoke et le chef-lieu de la Commune Rugombo.
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