Outre les États, il existe également des organes administratifs régionaux créés par des accords de paix entre le gouvernement central et les groupes rebelles.
L’autorité régionale du Darfour a été créé par l’Accord de paix au Darfour pour servir d’organe de coordination pour les États qui composent la région du Darfour.
Le Conseil de coordination des États du Soudan oriental a été créé par l’Accord de paix du Soudan oriental entre le gouvernement soudanais et les rebelles du Front de l’Est pour servir d’organe de coordination pour les trois États de l’Est.
La zone d’Abiyé, située à la frontière entre le Soudan du Sud et la République du Soudan, a actuellement un statut administratif spécial et est régie par une administration d’Abiyé. Elle devait organiser un référendum en 2011 sur son appartenance au Soudan du Sud ou à la République du Soudan.
Cartes connexes : « Carte des régions politiques du Soudan »