Le climat de la région continentale et des îles de la Guinée équatoriale est typiquement équatorial, avec des températures élevées, de fortes pluies et une grande couverture nuageuse la majeure partie de l’année. Les variations locales sont dues aux différences d’altitude et à la proximité de la mer. Les saisons des pluies dans la région continentale vont de février à juin et de septembre à décembre.
Les précipitations sont plus élevées sur la côte qu’à l’intérieur des terres. À Bata, les mois les plus pluvieux sont septembre, octobre et novembre, avec des précipitations moyennes supérieures à 2 388 mm par an. A Calatrava, plus au sud sur la côte, elle atteint parfois 4 572 mm. À l’intérieur des terres, cependant, les précipitations diminuent; Mikomeseng, par exemple, ne reçoit qu’environ 1 473 mm.
La température annuelle moyenne est d’environ 26,1 °C et est assez constante tout au long de l’année. Les maxima de température sont un peu plus bas qu’à Bioko. L’humidité relative est cependant plus élevée qu’à Bioko. Bioko a un climat plutôt débilitant.
La saison dite sèche dure de novembre à mars, et le reste de l’année est pluvieux. La température moyenne annuelle d’environ 25 °C varie peu au cours de l’année. Les températures de l’après-midi atteignent les 30 °C et chutent à environ 21,1 °C la nuit. La plupart du temps, le ciel est nuageux et couvert. Des précipitations extrêmes se produisent dans le sud, avec des pluies apportées par les vents de mousson s’élevant à environ 11 430 mm par an autour de San Antonio de Ureca.
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