Une des principales particularités géomorphologiques de la région est le fjord du Saguenay. Constituant l’un des rares fjords qui ne débouchent pas sur une mer, cette profonde déchirure du bouclier canadien est considérée comme le fjord le plus méridional du monde. Les falaises escarpées surplombant la rivière Saguenay aurait été formées par une succession d’événements géologiques s’échelonnant sur 900 millions d’années. La phase finale se serait produite il y a 180 millions d’années, créant un fossé d’effondrement appelé graben du Saguenay. Les glaciers auraient par la suite altéré et modelé cette gigantesque faille en forme d’auge, caractéristique des vallées glaciaires. À la suite du retrait des glaciers, l’eau de mer envahissait le secteur conférant à la faille ses caractéristiques de fjord, soit une vallée glaciaire envahie par la mer.
Le fjord du Saguenay est aujourd’hui une aire protégée, un statut assumé pour sa partie terrestre par le Parc national du Saguenay et par le Parc marin du Saguenay/Saint-Laurent pour sa partie maritime. Cette réalisation est le fruit d’une concertation des deux paliers gouvernementaux, fédéral et provincial, ce qui constitue un précédent au Québec en matière de protection de territoire.
Recevant à la fois l’eau salée du fleuve Saint-Laurent et l’eau douce du lac Saint-Jean, la rivière fait près de 120 kilomètres de longueur, possède une largeur maximale de 3 kilomètres et une profondeur maximale de 275 mètres.
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