Le rail est le principal mode de transport à Tokyo. Le Grand Tokyo possède le réseau ferroviaire urbain le plus étendu et le plus utilisé au monde avec 40 millions de passagers (transferts entre réseaux comptabilisés deux fois) dans la zone métropolitaine quotidiennement, sur une population métropolitaine de 36 millions. Il y a 882 gares ferroviaires interconnectées dans la métropole de Tokyo, dont 282 sont des stations de métro, avec plusieurs centaines d’autres dans chacune des 3 préfectures de banlieue densément peuplées environnantes. Il y a 30 opérateurs qui exploitent 121 lignes ferroviaires de passagers (102 desservant Tokyo et 19 autres desservant le Grand Tokyo mais pas le centre-ville de Tokyo lui-même), à l’exclusion d’environ 12 téléphériques.
Le système ferroviaire urbain de Tokyo ne se comporte pas comme un réseau unifié unique, mais comme des systèmes détenus et exploités séparément avec des degrés d’interconnectivité variables. L’expansion se poursuit, mais avec plus de mises à niveau de service et de séparation de niveau par opposition aux nouvelles lignes. Chacune des compagnies ferroviaires de la région a tendance à n’afficher que ses propres cartes, avec les principaux points de transfert mis en évidence, ignorant le reste du réseau de la zone métropolitaine. Les trains étaient historiquement extrêmement bondés aux heures de pointe, les gens étant poussés dans les trains par des soi-disant oshiya («pousseurs»), ce qui était courant à l’époque du boom des années 1960-1980. La plupart des lignes de Tokyo sont détenues, financées et exploitées par des intérêts privés, bien que le métro Toei soit géré directement par le gouvernement métropolitain de Tokyo et que le métro de Tokyo soit détenu/financé indirectement par le gouvernement de Tokyo et le gouvernement national. De vastes services traversants pour des interconnexions transparentes entre certaines lignes sont également une caractéristique du réseau: le service Narita-Haneda intègre la piste de 6 opérateurs distincts et indépendants. Les opérations ferroviaires de banlieue et les lignes de métro sont fortement intégrées. Les trains de banlieue fréquents et à grande capacité en provenance des banlieues continuent généralement directement dans le réseau de métro pour desservir le centre de Tokyo, émergeant souvent de l’autre côté de la ville pour desservir les lignes de banlieue de surface d’une autre entreprise, se comportant comme un réseau de trains S. La gare de Shinjuku est la gare la plus fréquentée au monde en termes de débit de passagers. Les chemins de fer de Tokyo ont tendance à fermer vers minuit, les gares elles-mêmes étant fermées vers 1h du matin.
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