La préfecture de Tokyo est divisée en 23 arrondissements spéciaux à l’est, en villes au centre et en un district rural à l’ouest de la préfecture. Les îles de l’archipel d’Izu et les îles d’Ogasawara dans l’océan Pacifique, qui font aussi partie de la préfecture de Tokyo, sont divisées en sous-préfectures.
La partie principale de la préfecture sur l’ile de Honshū compte 58 municipalités, dont les 23 arrondissements spéciaux et 26 villes, ainsi que les quatre communes rurales (trois bourgs et un village) du seul district de Tokyo.
Il ne subsiste qu’un seul district rural, celui de Nishitama, regroupant trois bourgs : Hinode, Mizuho et Okutama, et un unique village : Hinohara.
En raison de leur éloignement de la métropole, les îles du Pacifique qui font partie de la préfecture de Tokyo sont d’abord rattachées à un niveau intermédiaire dans quatre sous-préfectures, non subdivisées en districts et gérées administrativement par le bureau des Affaires générales du gouvernement de la métropole.
Ces 4 sous-préfectures comptent neuf municipalités (toutes des bourgs ou villages), portant chacune le nom de l’île principale constituant son territoire.
| Nom | Superficie (km2) | Population |
| Adachi | 53.25 | 674,067 |
| Akiruno | 73.47 | 80,464 |
| Akishima | 17.34 | 111,449 |
| Aogashima | 5.96 | 169 |
| Arakawa | 10.16 | 213,648 |
| Bunkyō | 11.29 | 223,389 |
| Chiyoda | 11.66 | 59,441 |
| Chōfu | 21.58 | 240,668 |
| Chūō | 10.21 | 147,620 |
| Edogawa | 49.9 | 685,899 |
| Fuchū | 29.43 | 260,891 |
| Fussa | 10.16 | 58,393 |
| Hachijō | 72.23 | 7,516 |
| Hachiōji | 186.38 | 579,330 |
| Hamura | 9.9 | 55,596 |
| Higashikurume | 12.88 | 116,869 |
| Higashimurayama | 17.14 | 150,984 |
| Higashiyamato | 13.42 | 85,229 |
| Hino | 27.55 | 185,133 |
| Hinode | 28.07 | 17,141 |
| Hinohara | 105.41 | 2,194 |
| Inagi | 17.97 | 87,927 |
| Itabashi | 32.22 | 569,225 |
| Katsushika | 34.8 | 447,140 |
| Kita | 20.61 | 345,063 |
| Kiyose | 10.23 | 74,495 |
| Kodaira | 20.51 | 194,757 |
| Koganei | 11.3 | 121,516 |
| Kokubunji | 11.46 | 122,787 |
| Komae | 6.39 | 81,671 |
| Kōtō | 40.16 | 502,579 |
| Kōzushima | 18.58 | 1,856 |
| Kunitachi | 8.15 | 75,867 |
| Machida | 71.8 | 429,040 |
| Meguro | 14.67 | 280,283 |
| Mikurajima | 27.54 | 328 |
| Minato | 20.37 | 248,071 |
| Mitaka | 16.42 | 189,168 |
| Miyake | 55.27 | 2,451 |
| Mizuho | 16.85 | 33,117 |
| Musashimurayama | 15.32 | 70,649 |
| Musashino | 10.98 | 143,686 |
| Nakano | 15.59 | 332,902 |
| Nerima | 48.08 | 726,748 |
| Niijima | 27.54 | 2,697 |
| Nishitōkyō | 15.75 | 200,102 |
| Ogasawara | 104.41 | 3,029 |
| Okutama | 225.53 | 5,177 |
| Ōme | 103.31 | 136,071 |
| Ōshima | 90.76 | 7,762 |
| Ōta | 60.66 | 722,608 |
| Setagaya | 58.05 | 910,868 |
| Shibuya | 15.11 | 227,850 |
| Shinagawa | 22.84 | 392,492 |
| Shinjuku | 18.22 | 339,211 |
| Suginami | 34.06 | 570,483 |
| Sumida | 13.77 | 260,358 |
| Tachikawa | 24.36 | 184,183 |
| Taitō | 10.11 | 200,486 |
| Tama | 21.01 | 147,953 |
| Toshima | 13.01 | 294,673 |
| To-shima | 4.12 | 309 |
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