Cotonou se situe sur la bande côtière entre le lac Nokoué et l’océan Atlantique. La ville est coupée en deux par un canal, la lagune de Cotonou, creusé par les Français en 1855. Trois ponts se trouvent dans cette zone. Le fleuve Ouémé se jette dans l’océan Atlantique à Cotonou.
La ville a mis en place des infrastructures de transport comprenant des voies aériennes, maritimes, fluviales (vers Porto Novo) et terrestres qui facilitent les échanges avec ses voisins le Nigeria, le Niger, le Burkina Faso et le Togo.
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