Administrativement, le gouvernorat est découpe en neuf délégations, quatorze municipalités, dix conseils ruraux et 95 imadas.
Le tableau suivant donne la liste des délégations du gouvernorat de Jendouba, précisant pour chaque délégation sa population.
| Délégation | Population en 2004 |
| (habitants) | |
| Aïn Draham | 40 372 |
| Balta-Bou Aouane | 42 229 |
| Bou Salem | 36 061 |
| Fernana | 52 690 |
| Ghardimaou | 67 955 |
| Jendouba Sud | 68 597 |
| Jendouba Nord | 44 195 |
| Oued Meliz | 19 015 |
| Tabarka | 45 494 |
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