Physiquement, à l’exception de la plaine côtière sur la côte de la mer de Beaufort (océan Arctique), la majeure partie du Yukon fait partie de la cordillère américaine. Le terrain comprend des chaînes de montagnes, des plateaux et des vallées fluviales.
Le sud-ouest est dominé par les champs de glace Kluane dans le parc national et la réserve de parc national de Kluane, les plus grands champs de glace non polaires des pôles. Le parc national Kluane contient également huit des dix plus hautes montagnes du Canada, dont les cinq plus hautes, toutes dans la chaîne Saint-Élie. Un certain nombre de glaciers sortent des champs de glace, notamment le glacier Logan, le glacier Hubbard et le glacier Kaskawulsh.
Le pergélisol est commun. La partie nord du Yukon a un pergélisol continu, alors qu’il est répandu dans la partie centrale. Même le sud du Yukon présente des parcelles éparses de pergélisol.
Deux failles majeures, la faille de Denali et la faille Tintina ont créé des vallées majeures appelées fosses : la fosse Shakwak et la fosse Tintina. La fosse Shakwak sépare les chaînes Kluane des autres chaînes de montagnes situées au nord de celle-ci. La route de Haines et la route de l’Alaska au nord de Haines Junction sont construites dans la tranchée Shakwak. La fosse de Tintina coupe le Yukon du nord-ouest au sud-est et ses bords contiennent de riches gisements minéraux, notamment l’or du Klondike et les gisements de plomb-zinc près de Faro.
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