La République tchèque se situe principalement entre les latitudes 48° et 51° N et les longitudes 12° et 19° E.
La Bohême, à l’ouest, se compose d’un bassin drainé par l’Elbe et la Moldau, entouré de montagnes pour la plupart basses, comme les monts des Géants dans les Sudètes. Ici se trouve le point culminant du pays, Sniejka, à 1 603 m. La Moravie, la partie orientale du pays, est également vallonnée. Elle est drainée principalement par la rivière Morava, mais elle contient également la source du fleuve Oder.
L’eau de la République tchèque s’écoule vers trois mers différentes : la mer du Nord, la mer Baltique et la mer Noire. La République tchèque loue également le Moldauhafen, un terrain de 30 000 mètres carrés au milieu des quais de Hambourg, qui a été attribué à la Tchécoslovaquie par l’article 363 du Traité de Versailles, pour permettre à ce pays enclavé d’avoir un endroit où les marchandises transportées en aval du fleuve pourraient être transférés sur des navires de mer. Le territoire revient à l’Allemagne en 2028.
Sur le plan phytogéographique, la République tchèque appartient à la province d’Europe centrale de la région circumboréale, au sein du royaume boréal. Selon le Fonds mondial pour la nature, le territoire de la République tchèque peut être subdivisé en quatre écorégions : les forêts de feuillus d’Europe occidentale, les forêts mixtes d’Europe centrale, les forêts mixtes de Pannonie et les forêts de conifères des montagnes des Carpates.
Il existe quatre parcs nationaux en République tchèque. Le plus ancien est le parc national des Monts des Géants (réserve de biosphère), et les autres sont le parc national de Šumava (réserve de biosphère), le parc national de Podyjí et la Suisse bohémienne.
Les trois Pays tchèques historiques de la République tchèque (anciennement certains pays de la couronne de Bohême) correspondent aux bassins fluviaux de l’Elbe et de la Vltava pour la Bohême, à celui de la Morava pour la Moravie et au bassin de l’Oder pour la Silésie tchèque (en termes de le territoire tchèque).
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