La Macédoine du Nord a un climat unique qui s’explique par son emplacement et sa topographie. Le climat des plaines est un climat méditerranéen allié à l’influence de la mer Noire. Le pays présente également des caractéristiques continentales, accentuées par les montagnes du sud qui empêchent l’air chaud du sud de se déplacer vers le nord. À l’inverse, les monts Šar, situés dans la partie nord-ouest, bloquent les vents froids du nord. Dans l’ensemble, les parties nord et ouest du pays sont relativement proches d’un climat continental et le sud et l’est d’un climat méditerranéen.
La Macédoine du Nord compte quatre saisons, mais la durée des saisons varie en fonction de la géographie. Le printemps est souvent très court. Les étés sont subtropicaux et il n’est pas rare de voir des températures supérieures à 40 °C durant cette saison, notamment dans les plaines le long de la vallée du fleuve Vardar. Les hivers, bien que modérés, peuvent être assez froids. Les chutes de neige en hiver sont fréquentes et parfois abondantes. La température annuelle moyenne de l’air est de 11,5 °C, mais les plaines connaissent des températures plus élevées, de 15 °C. Le mois le plus chaud est juillet, avec une température moyenne de 22,2 °C, et le plus froid est janvier, avec une température de 0,3 °C. Les températures maximales et minimales enregistrées à ce jour en Macédoine du Nord sont respectivement de 45,7 °C et −31,5 °C.
Les précipitations sont abondantes dans l’ouest et l’est du pays, mais la température diminue considérablement dans la région du Vardar. Cette région connaît des hivers plus chauds grâce au vent de Vardarec. Ce vent vient de l’embouchure du fleuve Vardar et apporte de l’air chaud. Skopje, considérée comme une ville de basse altitude, connaît en moyenne 64 jours de pluie par an. Le mois d’octobre est le plus humide avec 61 mm ; le plus sec est août avec 28 mm. Les pluies sont plus fréquentes au printemps et à l’automne.
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