Las dos regiones autónomas juntas forman hasta hace pocos años el extenso departamento de Zelaya, creado hace un siglo en la mitad oriental del país, el cual colindaba con el mar Caribe y se extendía por el norte hasta el curso inferior del río Coco y hacia el sur hasta el río Indio, abarcando en su totalidad el 50% de la superficie territorial de Nicaragua. A partir de 1988 esta enorme extensión fue dividida en dos Regiones Autónomas: Atlántico Norte (RAAN) y Atlántico Sur (RAAS), por un limite que separa el curso del río Prinzapolka del río Grande de Matagalpa

De los 59,000 km del antiguo departamento de Zelaya, unos 32,000 fueron adjudicados a la RAAN y otros 27,000 a la RAAS aproximadamente. Sin embargo ambas regiones siguen siendo tradicionalmente denominadas Costa Atlántica, o simplemente la Costa, no obstante que se encuentran junto al mar Caribe y lejos del Océano Atlántico geográficamente hablando.