El accidentado relieve y particular historia natural del Perú ha causado que este sea considerado uno de los diecisiete países megadiversos, con una gran variedad de ecosistemas y, consecuentemente, de flora y fauna. El país presenta en su territorio seis biomas terrestres diferentes, dos biomas marinos y tres biomas de agua dulce. A lo largo de la mayor parte de la costa se extiende el desierto del Pacífico, mientras que en la costa norte y valles interandinos del río Marañón y algunos afluentes, se extiende el bosque seco ecuatorial, un tipo de ecosistema similar a una sabana tropical que proviene de la convergencia de afluentes amazónicos, andinos y del bosque tropical del Pacífico.
De la latitud 6° S hacia el norte se presenta la corriente de El Niño con una temperatura que oscila entre los 22 °C y 27 °C. Esta choca con la corriente peruana o de Humboldt con temperaturas que oscilan entre los 13 °C y 19 °C. Aunque las dos corrientes brindan recursos innumerables, es la corriente de Humboldt la de mayor importancia debido a que ella presenta abundancia de plancton y se encuentra en la zona de amplitud del zócalo continental, la cual favorece a una mayor productividad y cantidad de recursos marinos, tal es el caso de la anchoveta y la consecuente producción masiva de harina de pescado. La flor nacional es la cantuta y el árbol más representativo del país es el árbol de la quina. En cuanto a fauna, las especies más emblemáticas son la vicuña y el gallito de las rocas.
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