Las ciudades principales del departamento de San Martín son Tarapoto y Moyobamba (capital), las que conforman el eje de desarrollo económico del departamento.
| Las principales ciudades del departamento de San Martín | ||
| Ciudad | Población | Provincia |
| Tarapoto | 183 471 en 2020 | San Martín |
| Moyobamba | 52 465 en 2017 | Moyobamba |
| Juanjuí | 28 000 en 2007 | Mariscal Cáceres |
| Rioja | 22 080 en 2017 | Rioja |
| Bellavista | 17 686 en 2017 | Bellavista |
| Lamas | 16 871 en 2007 | Lamas |
| Saposoa | 12 951 en 2007 | Huallaga |
| Picota | 7 941 en 2007 | Picota |
| San José de Sisa | 3 729 en 2007 | El Dorado |
| Tocache | Tocache | |
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