San Martín se encuentra ubicado en la selva alta, distinguiéndose 4 zonas morfológicas:
la parte occidental limita con la vertiente oriental de la cordillera de los Andes y presenta topografía accidentada;
Hidrografía
El sistema hidrográfico está conformado por los ríos de la cuenca amazónica, siendo el principal río que recorre el departamento, el Huallaga; también está conformado por lagunas, las cuales se caracterizan por su poca profundidad, altas temperaturas y su forma semicircular.
Clima
En San Martín predomina un clima subtropical y tropical, distinguiéndose dos estaciones: una seca de junio a setiembre y otra lluviosa de octubre a mayo. La temperatura varía entre 23ºC y 27ºC y la precipitación pluvial media anual es de 1 500 mm.
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