El departamento de Madre de Dios tiene una superficie de 85 301 km2 que representa el 6,6 por ciento del territorio nacional. El área que comprende en su totalidad es selva; tiene zonas de selva alta, selva baja y la sabana de palmeras. Parte de su geografía es accidentada, pues los Andes se precipitan hacia la selva formando abruptas laderas. El ecosistema que predomina es el bosque húmedo tropical, que cubre casi la totalidad de las provincias de Tambopata y Manú.
Accidentes geográficos
Hidrografía
Los recursos hídricos están constituidos por el conjunto de ríos caudalosos y riachuelos que atraviesan el departamento de oeste a este. Estos recursos son importantes para el departamento porque constituyen el principal medio de comunicación y transporte, así también, la riqueza de fauna (peces) que alberga, conforman la base alimenticia de los pobladores de la región.
Fauna y flora
El departamento de Madre de Dios alberga algunas de las regiones de mayor biodiversidad del mundo. Por ejemplo, el Parque nacional del Manu tiene el récord en número de especies de anfibios y reptiles.
Tiene una enorme diversidad de aves, grandes especies de felinos sudamericanos (jaguar, tigrillo, puma), múltiples especies de lagartos, y otros reptiles como la boa constrictora y la shushupe. También hay abundantes y diversos monos, peces, insectos y en general conjuntos de animales.
Su flora es también muy rica, y entre ellas se encuentran especies de madera noble y alto interés. Al igual podemos encontrar muchas especies como el motelo sanango.
Clima
El clima del departamento de Madre de Dios es del tipo tropical y húmedo, con abundante precipitación pluvial. La temperatura media anual en la ciudad de Puerto Maldonado es de 26°C, con máximas de 38°C entre agosto y setiembre, y mínimas de hasta 8°C entre mayo y agosto. En el departamento se pueden distinguir dos estaciones: la seca, entre los meses de mayo y octubre; y la estación lluviosa, entre diciembre y abril.
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