La ciudad de Iquitos (en amarillo en los mapas arriba y abajo) se encuentra ubicada en en el nororiente del Perú, centro este del Departamento de Loreto y en el extremo sur de la Provincia de Maynas, en la Amazonía peruana, al este de los Andes.
Está rodeada por el Puerto de Iquitos, formado por los ríos Amazonas, Nanay e Itaya. La ciudad está situada en la margen izquierda del río Amazonas.
La ciudad de Iquitos se encuentra en las coordenadas; 3° 45′ sur, 73° 15′ oeste.
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