Mapa físico del Estado del Maranhão, Brasil
La parte norte del estado es una llanura muy boscosa atravesada por numerosos ríos, ocupada por la extensión oriental de los bosques húmedos tropicales de la Amazonia. Los bosques húmedos de las cuencas de los Ríos Tocantins-Araguaia-Maranhão ocupan la parte noroeste del estado, que se extiende desde el oeste del río Pindaré hasta el estado vecino del Pará. Las partes norte-central y noreste del estado, se extienden hacia el este hasta el norte de Piauí, alberga los bosques de Maranhão Babaçu, una ecorregión de bosques húmedos tropicales degradados dominada por la palma babasu. Gran parte del bosque ha sido talado para el pastoreo y la agricultura, y la palma babasu produce aceite comestible que se extrae comercialmente.
La parte sur del estado pertenece a las terrazas más bajas de las grandes tierras altas de Brasil, ocupadas por las sabanas del Cerrado. Varias escarpas de la meseta, incluyendo la Chapada das Mangabeiras, Serra do Tiracambu y Serra das Alpercatas, marcan el margen norte del estado y los contornos de los valles de los ríos.