Administrativement, le gouvernorat est découpé en neuf délégations, huit municipalités, sept conseils ruraux et 94 imadas.
Le tableau suivant donne la liste des délégations du gouvernorat de Médenine, précisant pour chaque délégation sa population.
| Délégation | Population en 2014 |
| (habitants) | |
| Ben Gardane | 79 912 |
| Beni Khedache | 25 885 |
| Djerba – Ajim | 24 294 |
| Djerba – Houmt Souk | 75 904 |
| Djerba – Midoun | 63 528 |
| Médenine Nord | 54 769 |
| Médenine Sud | 54 640 |
| Sidi Makhlouf | 25 206 |
| Zarzis | 75 382 |
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