Le 5 mai 1798, l’ancienne Confédération est occupée par la France après une brève résistance et incorporée dans sa sphère d’influence en tant que république subsidiaire sous le nom de « République helvétique ». La République helvétique a été le premier État moderne sur le territoire suisse et, contrairement à la tradition d’État unitaire, organisée de manière hautement centralisée.
Les différences précédentes entre les terres soumises et les villes et lieux dominants ont été supprimées. L’égalité devant la loi, la création d’un espace économique et monétaire unique, la liberté de croyance et de conscience ne sont que quelques-unes des innovations progressistes qui ont trouvé leur place en Suisse.Cependant, en tant qu’État satellite français, la République helvétique a été entraînée dans les événements des guerres napoléoniennes et est devenue un théâtre de guerre à plusieurs reprises. Après plusieurs coups d’État et la répression d’un soulèvement armé, Napoléon Bonaparte a de nouveau décrété une constitution fédérale avec des cantons autonomes dans l’Acte de Médiation en 1803.
La désignation «Confédération suisse» a été fixée comme nom de l’État. Les anciens domaines thématiques et les lieux annexes ont été transformés en nouveaux cantons de Saint-Gall, des Grisons, d’Argovie, de Thurgovie, du Tessin et de Vaud. Après le départ de l’armée napoléonienne et presque deux ans de tractations, 1815 voit la création d’un État de 22 cantons reconnu comme neutre par l’« Acte de reconnaissance de la neutralité perpétuelle de la Suisse » rédigé par Charles Pictet de Rochemont et signé lors du congrès de Vienne.
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