Le réseau hydrographique du gouvernorat est constitué autour d’oued Medjerda, qui reçoit les plus importants affluents venant des régions montagneuses, humides et boisées de la Kroumirie (Oued Bouhertma, Kassab) et ceux venant du haut Tell (Oued Tessa et Oued Méllegue). Oued Medjerda constitue donc « l’artère maitresse » du système hydrographique exoréique du Tell Tunisien.
Deux bassins versants couvrent le territoire de Béja, celui de Zouarâa au Nord et celui de la basse Medjerda sur le reste du gouvernorat.
Le bassin de Zouaraa est constitué d’un ensemble de vallées, formant les plaines de Nefza et de Zouarâa, celle-ci sont le résultat des apports des oueds El Malah, Maaden et Bouzenna dont la confluence est l’oued Zouarâa. Le bassin de Zouarâa faisant partie de la région la plus aspergées du pays, obtient un apport annuel pluviométrique important, variant de 800 à 1500mm. Oued Zouaraa est caractérisé par sa forme sinueuse, son bassin versant s’étend sur 900 km², il est très accidenté.
Le bassin de Medjerda, beaucoup plus intéressant, il couvre les gouvernorats (Jendouba, Béja et Mannouba).Il reçoit des apports annuels variant de 100 à 600mm. Le débit moyen d’oued Medjerda atteint 48,4m3/s, en saison des hautes eaux (Janvier), débit qui se réduit à 5,5m3/s, en saison sèche (Juillet). L’implantation des différents barrages sur l’oued, a évoqué la réduction du débit annuel moyen. Ces ouvrages jouent un rôle essentiel à la stabilité du régime de l’oued, freinant ainsi les phénomènes d’inondation autrefois très fréquents, au niveau des établissements et des infrastructures de base. La longueur d’oued Medjerda au niveau de sa traversée par le gouvernorat s’élève à 75 km. C’est l’artère principale et maitresse du système hydrographique, il reçoit les affluents les plus importants ceux de la rive gauche venant de la région de Kroumirie : Kassab et Bouhertma et de la rive droite venant de la zone de haut tell oued Tessa et oued Mellègue. En haute ou en basse eaux la charge de la Medjerda est généralement importante. La qualité des eaux de l’oued est variable, elle dépend de l’importance de son débit.
La zone littorale est caractérisée par une « mer agitée » ; tout en étant bien exposée aux vents, elle ne présente aucun abri naturel. A 5 Km environ de la cote, circule un courant d’Ouest en Est, à une vitesse de 0,5à 0,7 m/s. Les courants de marée restent assez faibles, ne dépassant pas 1m/s. La cote, avec son orientation, se trouve exposée aux houles de secteur Nord-Ouest à Nord-Est.
Cartes connexes : « Hydrographie du gouvernorat de Béja »