Les Comores sont formées par Ngazidja (Grande Comore), Mwali (Mohéli) et Ndzwani (Anjouan), trois îles majeures de l’archipel des Comores, ainsi que de nombreux îlots mineurs. Les îles sont officiellement connues sous leurs noms en langue comorienne, bien que les sources internationales utilisent toujours leurs noms français (donnés entre parenthèses ci-dessus). La capitale et plus grande ville, Moroni, est située sur Ngazidja. L’archipel est situé dans l’océan Indien, dans le canal du Mozambique, entre la côte africaine (la plus proche du Mozambique et de la Tanzanie) et Madagascar, sans frontières terrestres. Les routes maritimes transportant le pétrole provenant du Proche-Orient à destination des États-Unis passent par les Comores. La superficie totale de l’union des Comores est de 2 236 km2. La capitale, Moroni, se situe sur la plus grande des îles, la Grande Comore.
Cette même île compte un volcan (2 361 mètres) actif appelé le Karthala. C’est un volcan strombolien encore en activité dont la dernière coulée de lave date de 2005. Un lac occupant l’un des cratères constituant une caldeira de 3 km de diamètre, la plus grande caldeira en activité du monde à l’époque, a été vaporisé, début 2005. La porosité du sol de la Grande Comore explique l’inexistence de cours d’eau, contrairement aux autres îles.
Les terres sont à 45 % agricoles. 9 % est recouvert par la forêt et 7 % du territoire est inexploité. Les îles sont assez proches (75 km au plus) et les fonds marins comportent beaucoup de coraux, lesquels ont fait les frais d’El Niño il y a quelques années et sont également victimes de pêche à la dynamite. La grande variété de la faune sous-marine pâtit elle aussi des destructions occasionnées par la nature et les hommes : de moins en moins de requins, de moins en moins de tortues — proies faciles dont la viande est gratuite —, ou encore de moins en moins d’holothuries ou « concombres de mer » — appréciés de certaines populations qui les ramassent et en font le commerce, sans forcément mesurer l’impact que cette « pêche » intensive pourrait avoir, l’archipel constituant l’une des zones de réensemencement de l’Afrique de l’Est.
L’origine volcanique fournit des pierres précieuses : spinelle et corindon sur Anjouan, à la Grande Comore et à Mohéli.
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